Bunicul lui Ioan Sobieski, implicat în expedițiile împotriva lui Mihai Viteazul
Familiei Sobieski îi lipsea o genealogie strălucită și străveche, întrucât ascensiunea ei socială și politică era relativ recentă; însă de la sfârșitul secolului al XVI-lea, strămoșii lui Ioan Sobieski începuseră deja să se facă remarcați pe plan militar și politic, în special în relațiile cu Imperiul Otoman. Bunicul viitorului rege, Marek, a fost implicat în expedițiile lui Jan Zamoyski în Moldova și în Țara Românească, când trupele polone i-au susținut pe Movilești împotriva lui Mihai Viteazul.
Fiul lui, Jakub, s-a distins în bătălia de la Hotin (1621), iar în 1646 a devenit castelan de Cracovia – cea mai înaltă dregătorie laică în Rzeczpospolita. Pe linie maternă, străbunicul lui Ioan Sobieski a fost Stanisław Żółkiewski, marele hatman al Coroanei și cuceritorul Moscovei din 1610, care a pierit pe câmpul de luptă după bătălia de la Țuțora (1620).
Memoria faptelor militare ale strămoșilor săi a fost mereu prezentă în viața lui Sobieski, iar poziția familiei i-a asigurat o carieră strălucită. La rândul său, Jakub Sobieski a avut grijă să le ofere o educație potrivită fiilor săi: Ioan și fratele lui mai mare, Marek, aveau să învețe latină, franceză, dar și turcă, pe care tatăl o considera necesară „pentru nobilimea care trăiește aici în Rutenia, fiind vecini”. Deși Sobieski nu a vorbit niciodată fluent limba turcă, reușea să poarte conversații, iar călătoria sa în Istanbul din 1654 i-a permis să își îmbunătățească aceste cunoștințe.
În 1643, tinerii magnați au urmat cursurile Universității din Cracovia, iar în 1646 au pornit într-o călătorie educațională de doi ani prin Germania, Țările de Jos, Franța și Anglia. În timpul absenței lui Sobieski din Polonia au avut loc schimbări majore: pe plan familial, tatăl celor doi tineri s-a stins din viață (1646), iar pe plan politic, situația a degenerat brusc în 1648, când regele Vladislav al IV-lea a murit, iar în Ucraina a izbucnit uriașa răscoală a cazacilor condusă de Bohdan Hmielnițki.
Problema cazacilor zaporojeni, pe care Rzeczpospolita nu era în stare să o rezolve de peste o jumătate de secol, s-a transformat într-o conflagrație care avea să domine estul Europei până la sfârșitul secolului al XVII-lea. Ales în acest moment de criză, regele Ioan Casimir Vasa s-a confruntat cu probleme din ce în ce mai grave, iar inițialele lui – ICR – au început să fie interpretate ca Initium Calamitatis Regni – începutul calamităților regatului.
Urmând tradiția familiei, Marek și Ioan Sobieski s-au întors în Polonia și au început slujba militară împotriva răsculaților. Pentru Marek, implicarea în război a fost fatală: după înfrângerea armatei poloneze la Batoh (1-2 iunie 1652), fratele viitorului rege a fost executat împreună cu alții prizonieri la ordinul lui Hmielnițki; Ioan nu a participat la bătălie din cauza bolii, care, în mod ironic, i-a salvat astfel viața.